微生物法是一种传统的测定氨基糖苷类化合物和其他抗生素的分析方法。此法与适当的提取技术结合起来，也可以用于测定动物源性食品和饲料中的氨基糖苷类化合物。微生物四碟法被欧盟推荐为官方的肉类食品的筛选方法，Okerman。利用该方法筛选了近5 000件肉样品。需要指出的是，微生物法的准确度、特异性、重现性很差，特别是在检测限附近的浓度范围，可能会过高地估计样品中的浓度。

    对于免疫分析，在氨基糖苷类药物残留检测中，主要应用酶联免疫法和放射免疫法。前者包括非均相酶联免疫和均相酶联免疫。Schnappinger等利用不同氨基糖苷类化合物之问对抗体的交叉反应制备了双抗体固相材料(DASP)来测定牛奶中的链霉素和筛选蜂蜜中的链霉素，该技术明显地减少了特异性抗体血清的消耗量。这种技术只是对链霉素和双氢链霉素具有较高的特异性，牛奶中这两种物质的回收率大于80％，蜂蜜的测定过程作者增加了样品的净化步骤，从而降低了样品基质的干扰，提高了方法的灵敏度。利用类似的技术，Haasnoot等建立了牛奶和肾脏中测定庆大霉素、新霉素和链霉素的酶联免疫吸附测定(ELISA)方法，方法的检测限远远低于欧盟规定的最大残留限量要求。除了庆大霉素和紫苏霉索之间、链霉素与双氧链霉素之间分别有25％和150％的交叉反应外，其他的氨基糖苷类化合物之间没有交叉反应出现。但是该方法由丁准确度较差(牛奶中回收率47％～78％、肾脏中回收率70％～96%)及重现性差(牛奶中相对标准偏差为23％～60％、肾脏中相对标准偏差为10％～38％)，因此，只能适用于筛选。放射免疫法已经成功地应用于测定生物液体中的氨基糖苷类化合物，其中异帕米星检测灵敏度可以达到1 ng/L，线性范围可以达到2个数量级．与庆大霉素交叉反应率小于0．4％。

   用于测定动物源性食品中的其他免疫技术包括荧光免疫技术、化学发光免疫技术等。这两种方法的原理与放射免疫技术相似，只是将放射免疫中的放射性标记的抗原用荧光物质或可化学发光的物质代替。

    由于氩基糖苷类化合物的高极性和难挥发性，因此，很少利用气相色谱测定氢基糖苷类化合物。通常先进行硅烷化衍生提高化合物的挥发性。Mineo等利用双三甲基硅乙酰胺、三甲基碘硅烷、三甲基氯硅烷对肌肉中的残留氨基糖苷类和其他药物进行衍生，然后用填充柱火焰离子检测器进行测定。方法的回收率为82％～94％，检测限为20～50μg/kg。Preu等通过两步衍生化建立了气相色谱质谱方法来测定氢基糖苷类化合物，首先将羟基三甲基硅烷化，然后利用七氟丁酰脲眯唑衍生氨基